01 - Heizen Sie den Ofen auf 190°C (375°F) vor und fetten Sie eine 2-Quart-Backform ein.
02 - Mehl, Salz und Muskatnuss in einer großen Schüssel vermengen. In die Mitte eine Mulde formen, Eier und Milch hineingeben und zu einem glatten, dicken Teig verrühren.
03 - Einen großen Topf mit gesalzenem Wasser zum Kochen bringen. Teig in einen Spaetzle-Hobel oder ein Sieb mit großen Löchern füllen, in das Wasser drücken und 2-3 Minuten kochen, bis die Spaetzle an die Oberfläche steigen. Mit einem Schaumlöffel herausnehmen und beiseitestellen.
04 - Butter in einem Topf bei mittlerer Hitze schmelzen, Zwiebel zufügen und etwa 3 Minuten anschwitzen. Mehl einrühren und 1 Minute weitergaren, dann nach und nach die Milch unter ständigem Rühren zugießen und die Sauce etwa 4 Minuten eindicken lassen.
05 - Topf vom Herd nehmen, Emmentaler und Gruyère unterrühren, bis der Käse geschmolzen ist. Mit Pfeffer und Salz abschmecken.
06 - Spaetzle unter die Käsesauce heben, alles in die vorbereitete Backform geben.
07 - Parmesan, Semmelbrösel und geschmolzene Butter in einer kleinen Schüssel vermengen und gleichmäßig über die Spaetzle verteilen.
08 - 20–25 Minuten backen, bis die Oberfläche goldbraun und die Sauce sprudelnd ist. Nach Wunsch mit Schnittlauch oder Petersilie garnieren.
09 - 5 Minuten ruhten lassen und dann servieren.