01 - Backofen auf 400°F (200°C) vorheizen. Eine mittelgroße Auflaufform (ca. 9x13 Zoll) mit Butter einfetten.
02 - Mehl, Salz und Muskatnuss in einer großen Schüssel vermengen. Eier und Milch hinzufügen und zu einem glatten, dicken Teig verarbeiten.
03 - Einen großen Topf mit Salzwasser zum Kochen bringen. Den Teig portionsweise durch eine Spätzlepresse oder ein grob gelochtes Sieb drücken. Die Spätzle 2–3 Minuten kochen, bis sie oben schwimmen. Mit einer Schaumkelle herausnehmen und beiseitestellen.
04 - In einer Pfanne bei mittlerer Hitze 2 Esslöffel Butter schmelzen. Die Zwiebeln zugeben und 10–12 Minuten unter häufigem Rühren goldbraun braten.
05 - Die Hälfte der Spätzle in die vorbereitete Auflaufform geben. Mit der Hälfte der karamellisierten Zwiebeln und der Hälfte der Käsemischung bedecken. Vorgang nochmals wiederholen.
06 - Die Oberfläche mit 2 Esslöffeln Butter belegen.
07 - Den Auflauf 20–25 Minuten backen, bis der Käse geschmolzen und die Oberfläche goldbraun ist.
08 - Aus dem Ofen nehmen, 5 Minuten ruhen lassen und mit frischem Schnittlauch oder Petersilie garnieren. Warm servieren.